Akita Japán egyik központi városa, Touhoku vidékén, tengerparti síkságon fekszik, Akita prefektúra szívében. Nyugatról a Japán-tenger határolja, míg a városon az Omono folyó fut keresztül. Hideg tél jellemzi rengeteg hóeséssel és forró, fülledt, párás nyár. A csapadékeloszlás egyenletes, szinte minden második-harmadik napon esik az eső vagy hull a hó. Ez a város történetünk helyszíne. Itt található az Akitai Börtön, ami összegyűjti a környék elítéltjeit és gazfickóit, valamint ez volt a helyszíne a Dangan Ronpa: A második generációnak is.

Történetünk a bíróságon kezdődött, ahová Kuroiwa Kyou, mint ártatlanul megvádolt fiú került a még kezdő ügyvédjével, Kazumával, és a mindenre elszánt nyomozónővel, Uzumével. A vádat nem más képviselte, mint a ravasz Kobata-san, aki egyébként a második generáció bábmestereként is tevékenykedett. Míg Kyou tárgyalása folyt egy gazdag politikus, Itou-sensei meggyilkolásának ügyében, addig börtönbe zárták, hogy ne tudjon megszökni a városból.

Kyou így tehát kénytelen megismerkedni a börtön rideg világával és farkastörvényeivel. A létesítmény kiskirálya, Kain gondoskodik róla, hogy egyetlen percet se élvezzen, azonban az uralkodó kiskacsája, Ahiru már az első napon a szárnyai alá veszi a fiút. A börtönlétet elsősorban Etsu, a mogorva és életunt őr felügyeli, aki nem a tisztesség mintaképe ugyan, de segít a fiúknak könnyebbé tenni a benti életet. Kyou különböző figurákat ismer meg odabent, míg a tárgyalás lassú léptekben halad előre. Kobata-san azonban egy pillanatig sem tétlen...